Что мне будет, если декларацию заполню в сентябре

При продаже имущества перед налоговой надо отчитаться до 30 апреля года, следующего за годом продажи, в Вашем случае это 30 апреля 2014 года, то есть срок уже прошел. 
Налога у уплате у Вас нет, так как стоимость меньше 250 000 руб. Вам необходимо всего лишь сдать декларацию 3-НДФЛ приложив договор купли-продажи.
Штраф за несвоевременную подачу декларации будет в любом случае (1 000 руб.). Поэтому особой разницы нет, сдадите Вы декларацию сейчас или через 3 месяца.