Купля- продажи квартиры между взаимозависимыми лицами.

Здравствуйте, Антон.
Согласно ст. 220 НК РФ сделки совершенные между взаимозависимыми лицами (105.1 НК РФ) имущественному вычету не подлежат.
При проверке Вашей декларации данный момент инспектора упустили, это значит при повторной подаче документов это может быть выявлено. Следовательно Вас попросят вернуть не верно перечисленные деньги.
Поэтому, Антон, решайте сами стоит или не стоит обращаться за недополученным остатком.