Здравствуйте.
Если в течение года, за который вы подаете декларацию 3-НДФЛ, вы лечились в двух разных клиниках, составить нужно одну декларацию с приложением документов, подтверждающих лечение.
Подробнее о вычете на лечение вы можете ознакомиться здесь: https://nalogcity.ru/sotsialnyj/nalogovyj-vychet-na-lechenie-2/