не закрывался три года

Какая система налогообложения (УСН или ЕНВД)?

ЕНВД

1 шаг. В момент прекращения деятельности нужно было подать заявление в налоговую инспекцию “о снятие с учета налогоплательщика единого налога на вмененный доход”. (Письмо Минфина России от 10.02.2012 № 03-11-06/3/8, Письмо Минфина России от 02.12.2011 № 03-11-11/302)
2 шаг. Подать декларацию, даже за то время когда деятельность не велась. (уточните в своей налоговой, обычно если деятельности нет подают единую (упрощенную) декларацию)
3 шаг. Выяснить в ПФ РФ свою задолженность и заплатить. Так как не зависимо от того велась предпринимательская деятельность или нет у ИП есть обязанность оплачивать страховые взносы в ПФ.
Исключение составляет,  если предпринимательская деятельность не осуществлялась в периоды:
— ухода за ребенком до достижения им возраста полутора лет
— прохождения военной службы по призыву
— ухода за инвалидом 1 группы, ребенком-инвалидом или за лицом достигшим возраста 80 лет
— проживание супругов военнослужащих, проходящих военную службу по контракту, вместе с супругами в местностях, где они не могли трудиться
— проживание за границей супругов работников, направленных в дипломатические представительства и консульские учреждения РФ
4 шаг. Ликвидировать ИП